Вебинары РИЭПП17 мая запланировано проведение вебинара на тему «Нормативно-правовая база функционирования центров коллективного пользования научным оборудованием (ЦКП) и особенности работы с порталом ckp-rf.ru».

Записаться на вебинар и посмотреть программу других вебинаров.

ГлавнаяЦентры коллективного пользованияУслугиОбъектыживые организмымикроорганизмыОпределение видового состава микробного сообщества

Услуга центра коллективного пользования

Определение видового состава микробного сообщества на основании сравнения последовательностей генов, кодирующих 16S рРНК

Данную услугу выполняет
  • ЦКП: Ассоциация центров коллективного пользования «Биоинженерия»
  • Базовая организация: Федеральное государственное учреждение «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук»
  • 🌎Регион: Центральный, г. Москва
  • Адрес: 119071, г. Москва, Ленинский проспект, д. 33, стр. 2
Описание услуги

1. Выделяем тотальную ДНК микробного сообщества. 2. Получаем ПЦР-фрагменты генов, кодирующих 16S рРНК (эубактерии, археи). Возможно получение ПЦР-амплификата, специфичного для заданных функциональных генов (RuBisCo, nifH, pmoA, другие гены). Размер амплификата зависит от варианта исследования. Вариант 1. 1. Получаем клональную библиотеку ПЦР-фрагментов. Как правило, используются полноразмерные амплификаты, к примеру, для 16S рРНК - около 1450 нуклеотидов. 2. Секвенируем заданное число клонов - 25 для сообщества из 2-3 видов, 50 - для 4-7 видов, 100 - для 15-20 видов. На этом этапе получаем частичные последовательности клонированных ПЦР-фрагментов (около 600-700 нуклеотидов) 3. Идентифицируем полученные последовательности - BLAST 4. Для заданных клонов определяем полноразмерную последовательность. Вариант 2. 1. Размер амплификата - около 450 нуклеотидов. 2. Секвенируем ПЦР-фрагменты c помощью NGS. По заказу на 1 сообщество модно получить от 10 до 100 тысяч последовательностей. 3. Анализируем полученные последовательности, разбиваем на группы, определяем наиболее близкие, из известных, виды. 4. Формируем отчет.

Ваше имя*
Ваш E-mail*
Сообщение*
Защита от автоматических сообщений
CAPTCHA
Введите слово на картинке*

Заявка на оказание услуги




























Выбрать дату в календаре


CAPTCHA