ГлавнаяЦентры коллективного пользованияУслугиОбъектыживые организмымикроорганизмыОпределение видового состава микробного сообщества

Услуга центра коллективного пользования

Определение видового состава микробного сообщества на основании сравнения последовательностей генов, кодирующих 16S рРНК

Данную услугу выполняет
  • ЦКП: Ассоциация центров коллективного пользования «Биоинженерия»
  • Базовая организация: Федеральное государственное учреждение «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук»
  • 🌎Регион: Центральный, г. Москва
  • Адрес: 119071, г. Москва, Ленинский проспект, д. 33, стр. 2
Описание услуги

1. Выделяем тотальную ДНК микробного сообщества. 2. Получаем ПЦР-фрагменты генов, кодирующих 16S рРНК (эубактерии, археи). Возможно получение ПЦР-амплификата, специфичного для заданных функциональных генов (RuBisCo, nifH, pmoA, другие гены). Размер амплификата зависит от варианта исследования. Вариант 1. 1. Получаем клональную библиотеку ПЦР-фрагментов. Как правило, используются полноразмерные амплификаты, к примеру, для 16S рРНК - около 1450 нуклеотидов. 2. Секвенируем заданное число клонов - 25 для сообщества из 2-3 видов, 50 - для 4-7 видов, 100 - для 15-20 видов. На этом этапе получаем частичные последовательности клонированных ПЦР-фрагментов (около 600-700 нуклеотидов) 3. Идентифицируем полученные последовательности - BLAST 4. Для заданных клонов определяем полноразмерную последовательность. Вариант 2. 1. Размер амплификата - около 450 нуклеотидов. 2. Секвенируем ПЦР-фрагменты c помощью NGS. По заказу на 1 сообщество модно получить от 10 до 100 тысяч последовательностей. 3. Анализируем полученные последовательности, разбиваем на группы, определяем наиболее близкие, из известных, виды. 4. Формируем отчет.

Ваше имя*
Ваш E-mail*
Сообщение*
Защита от автоматических сообщений
CAPTCHA
Введите слово на картинке*

Заявка на оказание услуги




























Выбрать дату в календаре


CAPTCHA