Ассоциация центров коллективного пользования «Биоинженерия»
Сокращенное наименование ЦКП: ЦКП «Биоинженерия»
Базовая организация: Федеральное государственное учреждение «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук»
Ведомственная принадлежность: Минобрнауки России
Год создания ЦКП: 2003
Сайт ЦКП: http://www.fbras.ru/services/ckp/ckp-bioinzheneriya
Контактная информация:
Местонахождение ЦКП:
|
Руководитель ЦКП:
|
Контактное лицо:
|
Сведения о результативности за 2020 год (данные ежегодного мониторинга)
|
Краткое описание ЦКП:
|
Центр коллективного пользования «Биоинженерия» организован в 2003 году, как структурное подразделение Центра «Биоинженерия» РАН (ФИЦ Биотехнологии РАН) для обеспечения современным научным оборудованием исследований в области высокопроизводительной геномики, молекулярной диагностики и биоинженерии. ЦКП оснащен комплексом современного высокопроизводительного уникального научного оборудования – высокопроизводительные секвенаторы фирм Illumina, Oxfrod Nanopore Technology, Applied Biosystems, амплификаторами ДНК, масс-спектрометром, атомно-силовым микроскопом. Методы секвенирования обеспечены метрологической поддержкой. На оборудовании ЦКП выполнены проекты по секвенированию XII хромосомы картофеля (результаты исследований опубликованы в журнале Nature), более 100 геномов бактерий и архей, диатомовой водоросли и митохондриального генома возбудителя описторхоза Opistorchis felineus. ЦКП «Биоинженерия» предоставляет возможность проведения исследований на имеющемся уникальном оборудовании внешним организациям. За время существования в ЦКП его услугами воспользовались более чем 100 организаций России, стран СНГ и зарубежья. Спектр предлагаемых услуг ЦКП включает: Секвенироваине ДНК по Сэнгеру Идентификация микроорганизмов на основе сравнительного анализа генов, кодирующих рибосомную РНК Секвенирование и анализ геномов прокариот Филогенетика и таксономия прокариот Исследование видового разнообразия микробных сообществ Анализ аллельного полиморфизма Разработка молекулярных маркеров для идентификации функциональных групп прокариот Разработка и верификация методов идентификации ГМО в продуктах питания и растительном сырье Предоставление заинтересованным лицам зарегистрированного Федеральным агентством по техническому регулированию и метрологии стандартного образца утвержденного типа ГСО11368-2019 для поверки, калибровка и испытаний амплификаторов с детекцией в режиме реального времени. В ЦКП Биоинженерия проводятся научные исследования биоразнообразия, таксономии, эволюции, генетической инженерии магнитотактических бактерий. |
Направления научных исследований, проводимых в ЦКП:
|
Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):
|
Приоритетные направления Стратегии НТР (п. 20):
|
Фотографии ЦКП:
Научное оборудование ЦКП (номенклатура — 14 ед., средняя загрузка — 8%):
|
Автоматический капиллярный секвенатор ДНК ABI 3730 (Applied Biosystems)
Генетический анализатор 4300 (Li-Cor)
Генетический анализатор Miseq (Illumina)
ДНК-амплификатор Tetrad (MJR)
Компьютерный кластер
Лаборатория для исследования физических свойств объектов со сверхвысоким разрешением Интегра Прима (НТ-МДТ)
Лабораторная установка повышенной степени чистоты
Масс-спектрометр Ultraflex III MALDI-TOF/TOF (Bruker)
Пиросеквенатор ДНК 454 GS FLX (Roche)
Система анализа последовательностей молекул ДНК IonTorrent (Illumina)
Система для проведения пульс-электрофореза ДНК CHEF DR III Chiller (BioRad)
Система сбора данных BioDocAnalyser II (Biometra)
Термоциклер для проведения ПЦР анализа в реальном времени CFX96(BioRad)
Хемидокументирующая система Fusion Solo.6X PRO FO.70 |
Услуги ЦКП (номенклатура — 7 ед.):
|
Краткое описание услуги: Выделение геномной ДНК из биологического материала Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии Краткое описание услуги: Высокопроизводительное секвенирование на Miseq (Illumina) Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): ответ на большие вызовы с учетом взаимодействия человека и природы, человека и технологий, социальных институтов; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: 1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма. 2. С использованием праймеров, специфичных для 16S рРНК эубактерий или архей, амплифицируем полноразмерный ПЦР-фрагмент гена, кодирующего 16S рРНК. 3. Секвенируем по полученный ПЦР-фрагмент на анализаторе ABI 3730, сравниваем полученную последовательность (длина не менее 1300 пн)с последовательностями генов 16S рРНК из баз данных, определяем ближайшие виды 4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма. 5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank. 6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание в публикацию. Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): ответ на большие вызовы с учетом взаимодействия человека и природы, человека и технологий, социальных институтов; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: определение состава микробного сообщества на Real-Time PCR CFX-96 Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): персонализированная медицина, высокотехнологичное здравоохранение и технологии здоровьесбережения; экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии Краткое описание услуги: Предоставление заинтересованным лицам зарегистрированного Федеральным агентством по техническому регулированию и метрологии стандартного образца утвержденного типа ГСО11368-2019 для поверки, калибровка и испытаний амплификаторов с детекцией в режиме реального времени. Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): ответ на большие вызовы с учетом взаимодействия человека и природы, человека и технологий, социальных институтов; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: Секвенирование ПЦР-фрагмента ДНК, рестрикционного фрагмента ДНК, клонированного фрагмента ДНК в составе вектора и.т.д. Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: 1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма. 2. Получаем ПЦР-копию генов 18S рРНК ,ITS-регион или других маркеров по запросу. 3. Секвенируем полученные ПЦР-фрагменты, определяем ближайшие последовательности из имеющихся в базах данных (BLAST-анализ) 4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма. 5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank. 6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание в публикацию. Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания |
Методики измерений, применяемые в ЦКП (номенклатура — 11 ед.):
|
Высопроизводительное секвенирование геномов, определение состава микробных сообществ
Методика уникальна:
нет
Высопроизводительное секвенирование геномов, определение состава микробных сообществ
Методика уникальна:
для России
Методика определения содержания трансгенной кукурузы GA21 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006 Методика уникальна: для России
Методика определения содержания трансгенной кукурузы MON801 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика определения содержания трансгенной кукурузы NK603 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика определения содержания трансгенной кукурузы Т25 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика определения содержания трансгенной сои RR40-3-2 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика секвенирования геномной ДНК исследуемого организма
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям Дата аттестации: 03.10.2011
Методика секвенирования клональной вставки
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям Дата аттестации: 03.10.2011
Методика секвенирования ПЦР-фрагмента ДНК
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям Дата аттестации: 03.10.2011
СО массовой концентрации ДНК плазмиды pUC18 в водном растворе
Наименование организации, аттестовавшей методику :
Федеральное агентство по техническому регулированию и метрологии Дата аттестации: 19.09.2019 Методика уникальна: для России |
