Ассоциация центров коллективного пользования «Биоинженерия»
Сокращенное наименование ЦКП: ЦКП «Биоинженерия»
Базовая организация: Федеральное государственное учреждение «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук»
Ведомственная принадлежность: Минобрнауки России
Год создания ЦКП: 2003
Сайт ЦКП: http://www.fbras.ru/services/ckp/ckp-bioinzheneriya
Контактная информация:
Местонахождение ЦКП:
|
Руководитель ЦКП:
|
Контактное лицо:
|
Сведения о результативности за 2021 год (данные ежегодного мониторинга)
|
Краткое описание ЦКП:
|
Центр коллективного пользования «Биоинженерия» организован в 2003 году, как структурное подразделение Центра «Биоинженерия» РАН (ФИЦ Биотехнологии РАН) .Деятельность ЦКП направлена на обеспечение современным научным оборудованием исследований в области высокопроизводительной геномики, молекулярной диагностики и биоинженерии по следующим направлениям развития науки, технологий и техники в Российской Федерации (Указ Президента Российской Федерации от 7 июля 2011 года № 899): «Науки о жизни», «Рациональное природопользование» . ЦКП обеспечивает инфраструктурную поддержку научных программ и проектов в сфере приоритетных национальных фундаментальных и прикладных научных исследований для реализации стратегии научно-технологического развития Российской Федерации. ЦКП «Биоинженерия» предоставляет возможность проведения исследований на имеющемся уникальном оборудовании внешним организациям. За время существования в ЦКП его услугами воспользовались более чем 100 организаций России, стран СНГ и зарубежья. ЦКП оснащен комплексом современного высокопроизводительного уникального научного оборудования, который включает высокопроизводительные секвенаторы фирм Illumina, Oxfrod Nanopore Technology, Applied Biosystems (3730 и 3500XL) ; амплификаторы ДНК, в том числе в режиме реального времени; атомно-силовым микроскопом и др. Методы секвенирования обеспечены метрологической поддержкой. На оборудовании ЦКП выполнены проекты по секвенированию XII хромосомы картофеля (результаты исследований опубликованы в журнале Nature), проведено NGS секвенирование и аннотация свыше100 геномов бактерий и архей, проанализировано более 500 сообществ микроорганизмов . Проведена идентификация более 5000 чистых культур микроорганизмов. В ЦКП Биоинженерия проводятся научные исследования биоразнообразия, таксономии, эволюции, генетической инженерии магнитотактических бактерий. |
Направления научных исследований, проводимых в ЦКП:
|
Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):
|
Приоритетные направления Стратегии НТР (п. 20):
|
Фотографии ЦКП:
Научное оборудование ЦКП (номенклатура — 14 ед., нет данных о загрузке за 2022 год):
|
Автоматический капиллярный секвенатор ДНК ABI 3730 (Applied Biosystems)
Генетический анализатор 4300 (Li-Cor)
Генетический анализатор Miseq (Illumina)
ДНК-амплификатор Tetrad (MJR)
Компьютерный кластер
Лаборатория для исследования физических свойств объектов со сверхвысоким разрешением Интегра Прима (НТ-МДТ)
Лабораторная установка повышенной степени чистоты
Масс-спектрометр Ultraflex III MALDI-TOF/TOF (Bruker)
Пиросеквенатор ДНК 454 GS FLX (Roche)
Система анализа последовательностей молекул ДНК IonTorrent (Illumina)
Система для проведения пульс-электрофореза ДНК CHEF DR III Chiller (BioRad)
Система сбора данных BioDocAnalyser II (Biometra)
Термоциклер для проведения ПЦР анализа в реальном времени CFX96(BioRad)
Хемидокументирующая система Fusion Solo.6X PRO FO.70 |
Услуги ЦКП (номенклатура — 10 ед.):
|
Краткое описание услуги: Выделение ДНК, постановка ПЦР (v3-v4), генерация не менее 10000 последовательностей на MiSeq (Illumina)в формате 2 х 300 нт., первичная биоинформационная обработка данных Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): ответ на большие вызовы с учетом взаимодействия человека и природы, человека и технологий, социальных институтов; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: Выделение геномной ДНК из биологического материала Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии Краткое описание услуги: 1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма. 2. С использованием праймеров, специфичных для 16S рРНК эубактерий или архей, амплифицируем полноразмерный ПЦР-фрагмент гена, кодирующего 16S рРНК. 3. Секвенируем по полученный ПЦР-фрагмент на анализаторе ABI 3730(3500XL), сравниваем полученную последовательность (длина не менее 1300 пн)с последовательностями генов 16S рРНК из баз данных, определяем ближайшие виды Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): ответ на большие вызовы с учетом взаимодействия человека и природы, человека и технологий, социальных институтов; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: 1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма. 2. Получаем ПЦР-копию генов 18S рРНК ,ITS-регион или других маркеров по запросу. 3. Секвенируем полученные ПЦР-фрагменты, определяем ближайшие последовательности из имеющихся в базах данных (BLAST-анализ) Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: определение состава микробного сообщества на Real-Time PCR CFX-96 Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): персонализированная медицина, высокотехнологичное здравоохранение и технологии здоровьесбережения; экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии Краткое описание услуги: Выделение ДНК исследуемого и референсного образца RAPD-PCR с использованием 4 праймерных систем . Референсный контроль предоставляет Заказчик Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: Выделение ДНК, подготовка библиотеки, секвенированиеIllumina (не менее чем 50-кратное покрытие генома), первичная биоинформационная обработка (сборка контигов, аннотация). Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: Выделение ДНК, подготовка геномных библиотек, секвенирование на платформах Illumina и Oxford Nanopore, первичная биоинформационная обработка (сборка полной геномной последовательности). Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: Предоставление заинтересованным лицам зарегистрированного Федеральным агентством по техническому регулированию и метрологии стандартного образца утвержденного типа ГСО11368-2019 для поверки, калибровка и испытаний амплификаторов с детекцией в режиме реального времени. Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): ответ на большие вызовы с учетом взаимодействия человека и природы, человека и технологий, социальных институтов; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: Секвенирование ПЦР-фрагмента ДНК, рестрикционного фрагмента ДНК, клонированного фрагмента ДНК в составе вектора и.т.д. Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания |
Методики измерений, применяемые в ЦКП (номенклатура — 10 ед.):
|
Высопроизводительное секвенирование геномов, определение состава микробных сообществ
Методика уникальна:
нет
Методика определения содержания трансгенной кукурузы GA21 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006 Методика уникальна: для России
Методика определения содержания трансгенной кукурузы MON801 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика определения содержания трансгенной кукурузы NK603 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика определения содержания трансгенной кукурузы Т25 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика определения содержания трансгенной сои RR40-3-2 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика секвенирования геномной ДНК исследуемого организма
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям Дата аттестации: 03.10.2011
Методика секвенирования клональной вставки
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям Дата аттестации: 03.10.2011
Методика секвенирования ПЦР-фрагмента ДНК
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям Дата аттестации: 03.10.2011
СО массовой концентрации ДНК плазмиды pUC18 в водном растворе
Наименование организации, аттестовавшей методику :
Федеральное агентство по техническому регулированию и метрологии Дата аттестации: 19.09.2019 Методика уникальна: для России |
