Ассоциация центров коллективного пользования «Биоинженерия»
Сокращенное наименование ЦКП: ЦКП «Биоинженерия»
Базовая организация: Федеральное государственное учреждение «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук»
Ведомственная принадлежность: Минобрнауки России
Год создания ЦКП: 2003
Сайт ЦКП: http://www.fbras.ru/services/ckp/ckp-bioinzheneriya
Контактная информация:
Местонахождение ЦКП:
|
Руководитель ЦКП:
|
Контактное лицо:
|
Сведения о результативности за 2020 год (данные ежегодного мониторинга)
|
Краткое описание ЦКП:
|
Центр коллективного пользования «Биоинженерия» организован в 2003 году, как структурное подразделение Центра «Биоинженерия» РАН (ФИЦ Биотехнологии РАН) для обеспечения современным научным оборудованием исследований в области высокопроизводительной геномики, молекулярной диагностики и биоинженерии. ЦКП оснащен комплексом современного высокопроизводительного уникального научного оборудования – высокопроизводительные секвенаторы фирм Illumina, Oxfrod Nanopore Technology, Applied Biosystems, амплификаторами ДНК, масс-спектрометром, атомно-силовым микроскопом. Методы секвенирования обеспечены метрологической поддержкой. На оборудовании ЦКП выполнены проекты по секвенированию XII хромосомы картофеля (результаты исследований опубликованы в журнале Nature), более 100 геномов бактерий и архей, диатомовой водоросли и митохондриального генома возбудителя описторхоза Opistorchis felineus. ЦКП «Биоинженерия» предоставляет возможность проведения исследований на имеющемся уникальном оборудовании внешним организациям. За время существования в ЦКП его услугами воспользовались более чем 100 организаций России, стран СНГ и зарубежья. Спектр предлагаемых услуг ЦКП включает: Секвенироваине ДНК по Сэнгеру Идентификация микроорганизмов на основе сравнительного анализа генов, кодирующих рибосомную РНК Секвенирование и анализ геномов прокариот Филогенетика и таксономия прокариот Исследование видового разнообразия микробных сообществ Анализ аллельного полиморфизма Разработка молекулярных маркеров для идентификации функциональных групп прокариот Разработка и верификация методов идентификации ГМО в продуктах питания и растительном сырье Предоставление заинтересованным лицам зарегистрированного Федеральным агентством по техническому регулированию и метрологии стандартного образца утвержденного типа ГСО11368-2019 для поверки, калибровка и испытаний амплификаторов с детекцией в режиме реального времени. В ЦКП Биоинженерия проводятся научные исследования биоразнообразия, таксономии, эволюции, генетической инженерии магнитотактических бактерий. |
Направления научных исследований, проводимых в ЦКП:
|
Приоритетные направления (указ Президента РФ N 899):
|
Приоритетные направления Стратегии НТР (п. 20):
|
Фотографии ЦКП:
Научное оборудование ЦКП (номенклатура — 16 ед., нет данных о загрузке за 2021 год):
|
Автоматический капиллярный секвенатор ДНК ABI 3730 (Applied Biosystems)
Генетический анализатор 4300 (Li-Cor)
Генетический анализатор AVANT 3100 (ABI)
генетический анализатор Miseq (Illumina)
ДНК амплификатор в комплекте 350 (Parallab)
ДНК-амплификатор Tetrad (MJR)
Компьютерный кластер
Лаборатория для исследования физических свойств объектов со сверхвысоким разрешением Интегра Прима (НТ-МДТ)
Лабораторная установка повышенной степени чистоты
Масс-спектрометр Ultraflex III MALDI-TOF/TOF (Bruker)
Пиросеквенатор ДНК 454 GS FLX (Roche)
Система анализа последовательностей молекул ДНК IonTorrent (Illumina)
Система для проведения пульс-электрофореза ДНК CHEF DR III Chiller (BioRad)
Система сбора данных BioDocAnalyser II (Biometra)
Термоциклер для проведения ПЦР анализа в реальном времени CFX96(BioRad)
Хемидокументирующая система Fusion Solo.6X PRO FO.70 |
Услуги ЦКП (номенклатура — 6 ед.):
|
Краткое описание услуги: Высокопроизводительное секвенирование на Miseq (Illumina) Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): ответ на большие вызовы с учетом взаимодействия человека и природы, человека и технологий, социальных институтов; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: 1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма. 2. С использованием праймеров, специфичных для 16S рРНК эубактерий или архей, амплифицируем полноразмерный ПЦР-фрагмент гена, кодирующего 16S рРНК. 3. Секвенируем по полученный ПЦР-фрагмент на анализаторе ABI 3730, сравниваем полученную последовательность с последовательностями генов 16S рРНК из баз данных, определяем ближайшие виды 4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма. 5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank. 6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание в публикацию. Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): ответ на большие вызовы с учетом взаимодействия человека и природы, человека и технологий, социальных институтов; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: определение состава микробного сообщества на Real-Time PCR CFX-96 Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): персонализированная медицина, высокотехнологичное здравоохранение и технологии здоровьесбережения; экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии Краткое описание услуги: Предоставление заинтересованным лицам зарегистрированного Федеральным агентством по техническому регулированию и метрологии стандартного образца утвержденного типа ГСО11368-2019 для поверки, калибровка и испытаний амплификаторов с детекцией в режиме реального времени. Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): ответ на большие вызовы с учетом взаимодействия человека и природы, человека и технологий, социальных институтов; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: Секвенирование ПЦР-фрагмента ДНК, рестрикционного фрагмента ДНК, клонированного фрагмента ДНК в составе вектора и.т.д. Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания Краткое описание услуги: 1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма. 2. Получаем ПЦР-копию генов 18S рРНК ,ITS-регион или других маркеров по запросу. 3. Секвенируем полученные ПЦР-фрагменты, определяем ближайшие последовательности из имеющихся в базах данных (BLAST-анализ) 4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма. 5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank. 6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание в публикацию. Приоритетные направления Стратегии НТР РФ (п. 20): экологически чистая и ресурсосберегающая энергетика, глубокая переработка углеводородного сырья, новые источники энергии; экологически чистое агро- и аквахозяйство, защита сельскохозяйственных растений и животных, безопасные продукты питания |
Методики измерений, применяемые в ЦКП (номенклатура — 11 ед.):
|
Высопроизводительное секвенирование геномов, определение состава микробных сообществ
Методика уникальна:
нет
Высопроизводительное секвенирование геномов, определение состава микробных сообществ
Методика уникальна:
для России
Методика определения содержания трансгенной кукурузы GA21 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006 Методика уникальна: для России
Методика определения содержания трансгенной кукурузы MON801 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика определения содержания трансгенной кукурузы NK603 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика определения содержания трансгенной кукурузы Т25 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика определения содержания трансгенной сои RR40-3-2 в продуктах питания
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии « Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Дата аттестации: 05.02.2006
Методика секвенирования геномной ДНК исследуемого организма
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям Дата аттестации: 03.10.2011
Методика секвенирования клональной вставки
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям Дата аттестации: 03.10.2011
Методика секвенирования ПЦР-фрагмента ДНК
Наименование организации, аттестовавшей методику :
ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям Дата аттестации: 03.10.2011
СО массовой концентрации ДНК плазмиды pUC18 в водном растворе
Наименование организации, аттестовавшей методику :
Федеральное агентство по техническому регулированию и метрологии Дата аттестации: 19.09.2019 Методика уникальна: для России |
